かつて、タヒボ茶のふるさとアマゾンは現在の南アメリカよりずっと大きな、別の大陸の一部に属していました。 数億年も昔、アマゾンの岩層や山脈は、南半球にあった原始時代の超大陸ゴンドワナにつながっていました。ゴンドワナ大陸は南極を中心として後に西へ移動する、南アメリカ、アフリカを含む西ゴンドワナ大陸、南極大陸、オーストラリア、インド亜大陸を含み、後に東へ移動する東ゴンドワナに分けられます。現在、出っ張っている南アメリカの東海岸と、引っ込んでいるアフリカの西海岸は当時はつながっていて、今のアマゾンの河口になっているあたりは内陸部に位置し、現在のコートジボアールの象牙海岸辺りと隣り合っていたと思われます。そのときにはすでに古アマゾン川は存在していましたが、現在のアマゾン川流域の形が暗示しているように、流れは西を向いていて、上流であったと思われるところは東にあって流域は狭く、西に向かって河口に近づくほど広くなっていました。
原始アマゾンのこの地形が裂けるようにして分かれたのは、およそ1億4000万年前で、ゴンドワナ大陸が、地殻深部の強い力によって、アフリカプレートと南アメリカプレートに徐々にちぎれ、分かれていきました。 その裂け目は南大西洋となって、南アメリカ西部は島状大陸となってゆっくりと西に流されていくこととなります。 しかしその島状大陸が移動することによって東へと移動していた太平洋の海底とぶつかり、その衝突の結果、大陸東側で褶曲活動が始まりアンデス山脈の形成が始まりました。
昔、大陸を西に流れていた川の流域は一時期湖となっていて、その間も絶えずアマゾン各支流から水が供給されていました。それと同時に各支流は土砂も運び、その堆積は70〜80メートルの厚さにもなります。その後、ある時期に地殻変動が起こり、湖の水が消失し、底にある堆積物が現れます。現在のアマゾン上流域の平坦な土地です。その地殻変動により大陸は東に傾き、川はギアナ楯状地と、ブラジル楯状地の狭い間を抜けて大西洋へと出口を見つけることとなります。今でも増水期にはアマゾン流域は大きな範囲で水に覆われ、かつて湖だったことを想像することができます。
南アメリカ大陸はゴンドワナ大陸から離れて以来ずっと孤立した大陸でしたが、6000万年前に北アメリカ大陸との間に火山列島が持ち上がり、それが両大陸の架け橋となります。現在のパナマなどです。北アメリカの動植物の諸種がやってきたのは架け橋ができ、陸続きとなってからのことです。この陸の架け橋が比較的新しい時代にできたために、南アメリカの生物は、ゴンドワナ大陸の一部だったオーストラリアと同様、外部からの干渉を受けずに独特の進化をしてきました。