町は1616年にこの地域の植民地化を狙うフランス、オランダ、イギリスから守るため、ポルトガルから送られたカステロ・ブランコによって築かれた要塞（カステロ要塞）から始まりました。またイエズス会士による北ブラジル地方の布教拠点として機能してきました。
最初に町は"Feliz Lusitania"と名づけられたが、後に"Santa Maria de Belem do Grao Para"に 改名、そして現在のBelemとなりました。
パラ州はブラジルの他の地域と違い、海路で直接ポルトガルで結ばれていたため、ポルトガル本国とのつながりが強く、1822年の「ポルトガル王子によるブラジル独立宣言」の後も約一年間ブラジルへの併合をを受け入れませんでした。独立ブラジルの傘下に入ったのは1823年8月25日で現在8月25日は州の独立記念日になっています。
19世紀から20世紀の約40年間、ゴム需要の高まりでベレンは大変に重要な市場となり、町はマナウス同様に繁栄を見せ、莫大な富がもたらされた。その間に、ラウロ・ソドレ宮殿、ベル・オ・ペーゾ市場、 アントニオ・レモス宮殿、 平和劇場等豪華な建造物が数多く建てられ、現在それらは観光名所となっています。
1910年代後半、急速に競争力をつけた東南アジア地域のゴム産業に敗れてベレンは急速に衰退していきました。その後、金や胡椒の時代を経、現在は鉱業、林業、農業等の産業が発達する都市に成長しています。

　1866年に設立された博物館でアマゾン最古の動植物学・考古学・文化人類学などに関する政府研究機関。研究だけではなくその5haの敷地内に情報センター、動植物園をもち、動植物園では2000種を超える植物、鳥類、動物を見ることが出来ます。水族館もありアマゾンの珍しい水生生物も展示しています。動植物の展示以外に環境教育も実施していて、アマゾンの環境保全に重要な役割を果たしています。ベレンの観光スポットにもなっています。