町の歴史は1616年にこの地域の植民地化を狙うフランス、オランダ、イギリスから守るため、ポルトガルから送られたカステロ・ブランコによって築かれた要塞（カステロ要塞）から始まります。またイエズス会士による北ブラジル地方の布教拠点として機能してきた。
最初に町は"Feliz Lusitania"と名づけられたが、後に"Santa Maria de Belem do Grao Para"に 改名、そして現在のBelemとなります。
パラ州はブラジルの他の地域と違い、海路で直接ポルトガルで結ばれていたため、ポルトガル本国とのつながりが強く、1822年の「ポルトガル王子によるブラジル独立宣言」の後も約一年間ブラジルへの併合をを受け入れませんでした。独立ブラジルの傘下に入ったのは1823年8月25日で現在8月25日は州の独立記念日です。
19世紀から20世紀の約40年間、ゴム需要の高まりでベレンは大変に重要な市場となり、町はマナウス同様に繁栄を見せ、莫大な富がもたらされた。その間に、ラウロ・ソドレ宮殿、ベル・オ・ペーゾ市場、 アントニオ・レモス宮殿、 平和劇場等豪華な建造物が数多く建てられ、現在それらは観光名所となり賑わいを見せます。
1910年代後半、急速に競争力をつけた東南アジア地域のゴム産業に敗れてベレンの産業は急速に衰退しますが、後に、金や胡椒の時代を経て、現在は鉱業、林業、農業等の産業が発達する都市に成長した。

マナウスと同様に、地元原産ハーブ類を販売する個人商店から大きな専門店まで数多くあり、タヒボも取引されます。朝市も開かれ、色々な民間薬、薬草類が数多く売買されます。